Pendaftaran murid baru Sekolah Khadijah dan Pondok Pesantren Khadijah masih dibuka untuk gelombang 2. Berdasarkan Sistem Penerimaan Murid Baru (SPMB) Yayasan Khadijah pada tahun ajaran 2025/2026, untuk level SD di bawah naungan Yayasan Khadijah sudah terpenuhi kuotanya. Jenjang SD tersebut mulai SD Khadijah, SD Khadijah 3, SD Khadijah Pandegiling dan SD Khadijah. Kuota pendaftaran murid baru untuk jenjang Daycare, KB-TK, SMP. SMA dan Pondok Pesantren Khadijah masih dibuka sampai pagu terpenuhi. Informasi dan pendaftaran secara online bisa diakses via website : https://ppdb.ytpsnukhadijah.sch.id/
